Los desinfectantes y los patógenos microbianos interactúan entre sí de manera similar a los imanes. Si juntas dos imanes cargados negativamente, se repelerán entre sí. Las bacterias y la hipoclorita (OCl- también conocida como lejía) están cargadas negativamente y se comportan como dos imanes cargados negativamente que se repelen entre sí. El ácido hipocloroso (HOCl) está cargado de forma neutra y no es repelido por las bacterias. HOCl penetra fácilmente en las paredes de las bacterias y las destruye con su fuerte potencial de oxidación.
Una molécula de cloro libre disponible (FAC) es una que no está unida. Hay tres formas de cloro libre disponible: cloro gaseoso, ácido hipocloroso e hipoclorito. Suponiendo una temperatura constante de 25 grados Celsius, cuando el pH está por debajo de 3, el cloro libre dejará la solución como gas cloro. Cuando el pH está por encima de 7,5, más del 50 % será hipocorita (OCl-) y aumentará en hipoclorita a medida que se eleve hacia el pH 14. Entre pH 3 y pH 7,5, la solución de cloro libre estará dominada por el ácido hipocloroso (HOCl).
